《本草纲目》共有52卷，载有药物1892种，其中载有新药374种，收集医方11096个，书中还绘制了1111幅插图，方剂11096首（其中8000余首是李时珍自己收集和拟定的），约190万字，分为16部、60类。
《本草纲目》与以前医书相比，最大的价值在于五方面：
1、分纲列目
李时珍把每种药物分列，释名（确定名称）、集解（叙述产地）、正误（更正过去文献的错误）、修治（炮制方法）、气味、主治、发明（前三项指分析药物的功能）、附方（收集民间流传的药方）等项。
李时珍把植物分为草部、谷部、菜部、果部、本部五部，又把草部分为山草、芳草、溼草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、杂草等九类，这种分纲列目的工具书式查询功能，是《本草纲目》相比以前的医书最大的价值。
2、药物功用的古今变化
书中援引前人理论，结合当世理论，从药物的性味功用，主治病症，阐释药物的古今应用发展。
3、发现新的药物机制
《本草纲目》密切结合临床用药实际，参考李时珍的切身体会，解析药物的作用机制，发前人之所未发。
4、不同药物的功效区别
阐释药物性状及功用区别，深入论述药物与主治，探究药物性能特点，对于药物的认识与临床运用均有启发。
5、配伍
发明项列举前人相关药物配伍的理论，联系临床应用经验，阐发药物配伍相须相使相反相成的机理。
有人说，可能李时珍是张仲景的头号粉丝。《本草纲目》里有很多进一步阐释张仲景医学著作之处。而张仲景的《伤寒论》其实是有许多阐释不清的地方，经李时珍注释分析，对推动这方面的医学理论起了极大的助力作用。
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